Por que uma única letra alterada marca a linha inteira
A comparação é feita linha a linha. Duas linhas são iguais ou não são, então corrigir um erro de digitação marca aquela linha inteira como reescrita. Dentro de uma linha reescrita as palavras alteradas ficam destacadas, e isso costuma bastar para ver o que aconteceu.
Isso pesa principalmente quando um parágrafo inteiro ocupa uma só linha, que é o normal ao copiar de um editor de texto. Um parágrafo de trezentas palavras com uma palavra trocada aparece como uma linha enorme reescrita. Se for comparar prosa, coloque antes uma quebra de linha depois de cada frase nas duas versões. O resultado fica muito mais legível e a contagem de linhas reescritas passa a significar alguma coisa.
Quando ligar as duas opções
Ignorar maiúsculas e minúsculas serve para textos que passaram por uma padronização. Se alguém mudou todos os títulos de tipo título para tipo frase, cada título conta como reescrito e as mudanças de conteúdo ficam soterradas. Com a opção ligada sobram só as alterações de verdade.
Ignorar diferenças de espaçamento serve para textos que circularam entre programas. Copiar de um PDF, colar no cliente de e-mail ou passar código por um formatador mudam a indentação e juntam ou acrescentam espaços sem mexer numa palavra. Com a opção ligada, os espaços do começo e do fim caem e uma sequência de espaços conta como um.
As duas opções afetam apenas a comparação. Na tela continua o que você colou, com espaços e maiúsculas intactos.
Como ler a porcentagem
O número é a proporção de linhas que aparecem sem mudança nas duas versões. Ele responde a «quanto deste documento eu deixei intacto», o que interessa ao revisar um rascunho devolvido ou ao verificar quanto uma correspondência de memória de tradução foi editada.
Não é uma nota de plágio. Dois textos podem não coincidir em nenhuma linha e dizer a mesma coisa com as frases reordenadas, e refazer as quebras de linha derruba o número a zero sem mudar uma palavra. Use para calibrar o tamanho de uma edição, não para julgar autoria.
Conferir um contrato ou um rascunho devolvido
O caso comum é alguém devolver uma versão sem dizer o que mexeu. Cole à esquerda a versão que você enviou e à direita a que recebeu, e cada inserção, supressão e reescrita fica listada em ordem.
Leia as supressões com atenção redobrada. Uma cláusula acrescentada aparece na leitura do documento, mas uma obrigação retirada ou um prazo apagado não deixam nada que chame a atenção, e é aqui que eles aparecem.
Comparar código
Os fins de linha já estão resolvidos. Um arquivo salvo no Windows termina as linhas com CRLF e um salvo no macOS ou Linux com LF; aqui os dois são lidos igual, então essa diferença sozinha nunca marca uma linha como alterada.
Tabulações e espaços se comportam igual. Um arquivo convertido de tabulações para quatro espaços mostra todas as linhas como reescritas até você ignorar o espaçamento.